Για όλους τους χώρους της εγκατάστασης σχεδιάζεται πρόγραμμα Καθαρισμού και Απολύμανσης, το οποίο περιλαμβάνει για κάθε διακριτό χώρο και εξοπλισμό τα παρακάτω:

τον υπεύθυνο για τον καθαρισμό - απολύμανση

τη συχνότητα καθαρισμού - απολύμανσης

το χρησιμοποιούμενο καθαριστικό - απολυμαντικό

τον τρόπο εφαρμογής

το χρόνο εφαρμογής εάν αυτό κρίνεται απαραίτητο.

Παράλληλα, εάν αυτό κρίνεται απαραίτητο, συντάσσονται οδηγίες εργασίας στις οποίες αναπτύσσεται με μεγαλύτερη λεπτομέρεια ο τρόπος καθαρισμού χώρων, συσκευών ή εξαρτημάτων που απαιτούν ιδιαίτερες τεχνικές καθαρισμού (π.χ. απαγωγικό σύστημα).

Η εκτέλεση της καθαριότητας και της απολύμανσης θα τεκμηριώνεται με κατάλληλο τρόπο και θα τηρείται σχετικό αρχείο.

Περιοδικά θα επαληθεύεται η αποτελεσματικότητα του καθαρισμού των χώρων και του εξοπλισμού με κατάλληλες μεθόδους (π.χ. χρωματικά τεστ) και όταν απαιτείται θα επικυρώνεται με μεθόδους όπως η χρήση λουμινόμετρου, η διενέργεια μικροβιολογικών αναλύσεων (swab test).